En febrero de 1999, Arriaga entregó a Alejandro el guión Perro Negro, Perro Blanco, que más tarde —ante el lanzamiento de Black Cat, White Cat, de Emir Kusturica— cambiaría su nombre por Amores Perros. Acordaron que Guillermo acudiría al rodaje para vigilar el apego al texto. «Entre ambos había un pacto —dice Arriaga—. Yo opinaba lo que quería, pero todo tenía que decírselo a Alejandro.» El “detrás de cámaras” de la cinta sugiere que, en los hechos, el pacto se cumplía vagamente. Ese documental, realizado por Fernando Llanos, registra un ensayo donde Alejandro explica a “Susana” (Vanesa Bauche) cómo reaccionar ante un gesto violento de su marido, “Ramiro” (Marco Pérez), quien carga al bebé de ambos. Guillermo, de brazos cruzados a un metro de Alejandro y Vanesa, observa la actuación del primero y le dice: «Esa reacción está muy subida de tono.» Alejandro escucha y cambia la instrucción a la actriz.

Los comentarios de Iñárritu y Arriaga incluidos en el DVD de Amores Perros transcurren en calma, hasta que una escena desata algo parecido a un discreto intercambio de patadas bajo la mesa. En la pantalla vemos al personaje de Gael García preguntar al de Vanesa, su cuñada —de la que está enamorado y con quien desea fugarse—, cuáles son sus planes. Ella responde «Mi papá decía, “si quieres que Dios se ría de ti, platícale tus planes”.» En ese instante, Alejandro interviene, insinuando quien es el autor de la máxima que Vanesa citó: «Esa línea mi papá me la repetía de chico. Es un dicho terrible y…»

De pronto, Arriaga lo atropella:

—Y también me gusta la respuesta de Gael: a Dios podrá darle mucha risa, pero yo voy a seguir con mis planes.

El tema de contrapunto no les era indiferente. Alejandro es un cristiano confeso. Al iniciar y concluir los rodajes en las locaciones efectúa un ritual de bendición: lanza con sus actores pétalos de rosas. Todos al unísono gritan «Abba Eli» (“Padre, el más elevado”). Por el contrario Arriaga, es un ateo con todas sus letras.

Hace una década, Pelayo Gutiérrez, productor de Z Film, la compañía de Alejandro, leyó la novela Escuadrón Guillotina, de Arriaga. Pelayo necesitaba guiones de calidad y sintió que podía abastecerlos ese escritor nacido en el DF en 1958. «Decidí presentar a Alejandro y a “Memo” por una razón: ambos compartían una voluntad y una templanza aristotélicas, es decir, su fortaleza espiritual. Alejandro un creyente, y Guillermo, un ateo, buscaban lo mismo: ser los conductores de sus ideas». O sea, Pelayo acercó dos sustancias que tras fusionarse explotan como un coctel molotov. Esa atracción duró 10 años. Alejandro y Guillermo forjaron una amistad que se extendió a los hijos de ambos.