El primer museo de la Ciudad de México, o al menos su antecedente más formal, fue el Gabinete de Historia Natural, lugar que abrió sus puerta el 27 de abril de 1790 en el número 89 de la calle Plateros —hoy Madero—, donde recibía a la gente los lunes y jueves de 10 a una de la tarde y de dos a cinco.

La primera exhibición constaba de 17 osamentas de elefantes y máquinas de física y química, como microscopios, barómetros, termómetros, prismas y matraces, entre otros.

La iniciativa fue de José Longinos Martínez, quien formaba parte de un grupo de científicos enviados en 1787 por Carlos III, para la recolección y clasificación de plantas, animales y minerales de la todavía entonces Nueva España.

Hubo tan buena respuesta que la gente comenzó a hacer donaciones que enriquecieron la colección. Este espacio tenía un perfil más científico que histórico, pero fue muy importante para la habitantes de la época interesados en la ciencia, así como para la población letrada y por ello sentó las bases para la creación de un museo hecho y derecho.

Sin embargo, Longinos Martínez se tuvo que reintegrar con el equipo de científicos en 1793 y su muerte a inicios del siglo XIX fueron dos factores que repercutieron en la decadencia del Gabinete. Algunas de sus piezas se resguardaron en el Colegio de San Ildefonso en 1802.

Una vez que concluyó la Guerra de Independencia fueron reubicadas en el Conservatorio de Antigüedades —hecho por Iturbide en 1822—, para después ser parte de lo que sería ahora sí el Museo Nacional, creado por el presidente Guadalupe Victoria en 1825, el primero en forma del país, ubicado desde esa fecha y hasta 1866 en una de las aulas de la Nacional y Pontificia Universidad de México. Posteriormente se trasladó al número 13 de la Calle de Moneda por disposición de Maximiliano de Habsburgo.

Pasaron los años, Porfirio Díaz estaba en el poder y el 9 de septiembre de 1910 se convirtió en el Museo Nacional de Arqueología, Historia y Etnografía. Cuando el acervo ya estaba bastante nutrido, se decidió dividirlo para darle vida al Museo Nacional de Historia el 27 de septiembre de 1944 en el Castillo de Chapultepec y casi 20 años más tarde (el 17 de septiembre de 1964) al Museo Nacional de Antropología.