El inteligente y bondadoso Kubo se gana la vida contando historias fantásticas a los habitantes de un pequeño pueblo costero, entre los que están Hosato, Akihiro y Kameyo. Su tranquila vida cambia de golpe cuando, accidentalmente, invoca a un espíritu del pasado que regresa de los cielos decidido a llevar a cabo una venganza milenaria.

Kubo no tiene más remedio que huir y unirse a Mono y a Escarabajo para salvar a su familia y así resolver el misterio que rodea la caída de su padre, el más grande de todos los samuráis que jamás haya existido. Con la ayuda de su shamisen, un instrumento mágico, Kubo se enfrenta a dioses y a monstruos, como el vengativo Rey Luna y las hermanas malvadas, para descubrir el secreto de su legado, reunirse con su familia y cumplir su heroico destino