A partir del año 2002, el Teatro Benito Juárez forma parte de la red de recintos culturales asignados a la Secretaría de Cultura. El recinto tiene una programación continua con espectáculos de alta calidad a precios realmente accesibles cuyos contenidos —como Domingos Infantiles, Tercera Llamada, Ciudad en Movimiento, Cabaret en la Ciudad, Armonía sin fronteras y Cineclub— lo dotan de una amplia gama multidisciplinaria. A partir de octubre de 2005, y debido al cierre temporal del Museo Universitario del Chopo, el Teatro Benito Juárez, adopta la programación de ese Museo y presenta espectáculos como Sabadanza, El festival de Blues y teatro para toda la familia.