La guardia costera japonesa investiga un bote abandonado en la bahía, cuando su embarcación es atacada por algo desconocido. Poco después la línea del metro de Tokio se inunda misteriosamente y colapsa. Los oficiales del gobierno sospechan de actividad volcánica pero el Secretario Adjunto de Japón está convencido que el incidente fue causado por algo vivo. Su peor pesadilla se vuelve realidad cuando un enorme monstruo emerge de las profundidades y comienza a abrirse camino hacia la ciudad destruyendo todo a su paso. Mientras el gobierno busca proteger a los ciudadanos, un grupo de voluntarios busca encontrar la verdad acerca del monstruo y descubre su misterioso lazo con una potencia extranjera. Pero el tiempo no está de su lado, una gran catástrofe está a punto de evolucionar justo frente a sus ojos.