Acusados de cometer crímenes contra su propia nación, el equipio de fuerzas especiales de élite llamado G.I. Joe es eliminado debido a una orden presidencial. Después de ser víctimas de un certero ataque de elimina a casi todos los efectivos de los ‘Joe’, los miembros restantes se enfrentan a un misterioso enemigo que se ha infiltrado hasta los máximos niveles de la política.